Фамилия Иунина — редкий случай, когда основа не просто устарела, а почти вышла из обихода вместе с самим именем. Она образована от крестильного имени Иуда (каноническая церковная форма — Иуда, в народном произношении часто Июда). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Иунин, то есть сын или потомок человека по имени Иуда. Женская форма Иунина закрепилась за дочерью или женой.

Самое интересное здесь — не морфология, а история имени. В русской традиции имя Иуда долго было под негласным запретом из-за евангельского предателя. Крестьяне и мещане, получившие его в святцах (апостол Иуда Фаддей — совсем другой персонаж), предпочитали обиходные формы: Юда, Юшка, Юдин. Фамилия Иунин могла возникнуть в среде староверов или в семьях, где держались строгих церковных записей и не стеснялись канонической формы. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, где приходские метрики вели особенно тщательно.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Иуда — так в народе могли назвать хитрого, корыстного или недоверчивого человека. Но эта гипотеза слабее: прозвища с таким прямым негативным значением редко становились основой фамилий, их старались смягчить или заменить. Скорее всего, предок носительницы фамилии Иунина был обычным крестьянином, которого в метрической книге записали по отцу — Иуде, не вкладывая в это никакого дополнительного смысла.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) форма Иунин не упоминается отдельно, но модель с суффиксом -ин от канонических имён описана подробно. Это типичная «патронимическая» фамилия, каких тысячи, но с необычной судьбой имени-основы.