Фамилия Иунин — редкий случай, когда церковное имя сохранилось в почти неизменном виде. В основе лежит каноническое имя Иуда (в церковнославянской форме Иуда). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Иунин буквально значит «сын Иуды» или «потомок Иуды». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён, оканчивающихся на -а или -я: Иуда → Иунин, как Фома → Фомин или Никита → Никитин.

Имя Иуда в русской традиции неоднозначно. С одной стороны, это имя одного из двенадцати апостолов (Иуда Фаддей), с другой — имя предателя Христа. Однако в крестьянской и мещанской среде, где фамилии часто закреплялись в XV–XVII веках, это различие не играло решающей роли. Имя Иуда давали в крещении, и оно бытовало в святцах. Фамилия Иунин могла появиться у потомков человека, носившего это имя, без всякой негативной окраски — просто как указание на отца.

Интересно, что фамилия Иунин почти не встречается в центральных губерниях России. Основные очаги её бытования — южные и юго-западные регионы, особенно территории, исторически связанные с Украиной и Белоруссией. Там влияние церковнославянской традиции было сильнее, а имя Иуда могло восприниматься спокойнее. В переписях XIX века носители фамилии фиксировались в Курской, Харьковской и Черниговской губерниях.

Есть и другая версия, менее вероятная: связь с греческим словом «иунос» (юный). Но для русского уха такое объяснение натянуто — гораздо проще и логичнее вывести фамилию из библейского имени, тем более что суффикс -ин здесь работает по стандартной схеме. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи разбираются именно как отчества от церковных имён, пусть и редких.

В современной России Иуниных немного. Фамилия не стала массовой, не ушла в дворянские роды и не приобрела известных носителей в истории. Но для тех, кто её носит, это прямая связь с древним именем, которое в народной среде пережило века без переосмысления и замены.