Фамилия Илунин — редкий случай, когда основа неочевидна, а суффикс подсказывает путь. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Илунин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Илуня.

Самая вероятная версия: Илуня — это производная форма от крестильного имени Илья. В русской народной традиции имя Илья давало множество обиходных вариантов: Илюха, Илюша, Илуня. Суффикс -ун(я) в прозвищах и уменьшительных именах встречается нечасто, но устойчиво: вспомните Ваня, Саня, Таня. Илуня — ласкательное или просторечное обращение к Илье, которое закрепилось как прозвище, а затем и как фамилия.

Менее вероятно, но возможно: связь с диалектным глаголом «илунить» — в некоторых говорах так говорили о человеке, который делает что-то вяло, медленно или нехотя. Однако эта версия слабее, потому что глагол редкий и локальный, а имя Илья — повсеместное. Филологи обычно отдают предпочтение антропонимической основе перед нарицательной, если обе возможны.

Географически фамилия Илунин встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что тоже говорит в пользу происхождения от имени: такие фамилии разносились по стране вместе с носителями. Суффикс -ин типичен для центральной и северной России, но не привязывает фамилию к одному региону.

Таким образом, предки современных Илуниных с высокой долей вероятности были просто Ильями, которых в быту звали Илунями. Никакого особого ремесла или сословной принадлежности за этой фамилией не стоит — только имя, данное при крещении, и народная привычка его сокращать.