Фамилия Исунина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Исунин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и чаще всего указывают на принадлежность: «чей?» — Исунин, то есть сын или потомок Исуни. Сама основа Исуня — это разговорная, обиходная форма крестильного имени Иосиф (в просторечии — Иось, Осип, Исуня). В церковном календаре Иосиф означает «Бог приумножит» (от древнееврейского), но в народе имя обросло множеством уменьшительных вариантов: Ося, Осипка, а в некоторых говорах — Исуня, Исуха, Исушка. Так что Исунина — это буквально «дочь или жена потомка Исуни».

Модель образования проста и типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на притяжательность, а сама фамилия закрепилась в тех краях, где имя Иосиф произносили с начальным «И» вместо «О». Это характерно для акающих говоров (южнорусских и среднерусских), где безударное «о» переходит в «а», а иногда и в «и»: Осип → Исип → Исуня. В отличие от фамилии Осипов (от полной формы), Исунин — более редкий вариант, сохранивший народное произношение.

Встречается фамилия Исунина в разных регионах, но чаще всего — в бывших вотчинах Новгородской и Псковской земель, где осевшие крестьяне и ремесленники носили такие «домашние» прозвища по имени. В переписных книгах XVII века можно найти упоминания крестьян Исуня, Исунка — это не фамилия ещё, а личное прозвище, которое позже стало родовым. Социальный контекст: носители фамилии почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами, потому что дворянские фамилии чаще образовывались от полных церковных форм или от географических названий.

Сравните с однокоренными: Исупов (от Исуп — вариант Осипа), Исурин (от Исура), Исунов. Все они одного корня, но Исунина выделяется именно уменьшительным суффиксом -ун(я), который в русской ономастике даёт фамилии с оттенком ласкательности или просторечия. Так что предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были простыми людьми, которых в деревне звали по имени-прозвищу Исуня, и эта кличка закрепилась за их родом.