Фамилия Исунц — редкий пример, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает этимологические догадки. Носители фамилии, по имеющимся данным, происходят из армянской среды, а окончание «-ц» указывает на западноармянское или диалектное оформление фамилии. В армянской ономастике суффикс «-ц» (или «-янц») часто передавал принадлежность к роду или месту, а в русской записи такие фамилии нередко получали усечённую форму без «-ян» на конце. Поэтому Исунц — это, скорее всего, русифицированный вариант армянской фамилии, где корень «Исун» может восходить к личному имени или прозвищу.

Разобрать основу сложнее. В армянском языке «исун» означает «девяносто», но вряд ли фамилия возникла напрямую от числительного — это было бы крайне нехарактерно. Более вероятна связь с именем Исус (Иешуа), которое в армянской традиции могло звучать как «Исус» или «Исун» в диалектном произношении. В таком случае Исунц — это «из рода Исуса», то есть потомок человека по имени Исус, что для армянских фамилий, образованных от христианских имён, вполне обычно. Альтернативная версия — связь с топонимом: в Армении и исторической Западной Армении есть несколько селений, в названиях которых встречается корень «ис-» или «исун-», но подтвердить конкретное место по фамилии без дополнительных генеалогических данных невозможно.

Написание фамилии с твёрдым «ц» на конце — характерная черта русской передачи армянских фамилий, которые в оригинале могли оканчиваться на «-янц» или «-енц». В дореволюционных документах встречаются варианты вроде «Исунцов» или «Исунцев», но форма Исунц закрепилась как более краткая и, вероятно, исходная для данной ветви. Сословная принадлежность предков остаётся неясной: фамилия не даёт прямых указаний на дворянство или крестьянство, но армянские фамилии на «-ц» часто носили ремесленники и торговцы в городах Закавказья и юга России.

Сравнение с однокоренными фамилиями неочевидно, так как Исунц стоит особняком. Близкие по звучанию Исупов или Исунин имеют другую природу — тюркские или русские корни. Таким образом, Исунц — это почти наверняка армянская фамилия, образованная от имени или прозвища, с характерным западноармянским суффиксом, адаптированная русским письмом.