Фамилия Исунова — редкий случай, когда угадывается не только прозвище или имя, но и вполне конкретная географическая точка. По одной из версий, в основе лежит прозвище Исунов, которое отсылает к гидрониму Исун. Так называется река в Николаевской области Украины, правый приток Ингульца. У неё есть и другие названия — Высунь, Висунь, Вулсунь. Река берёт начало на Приднепровской возвышенности и течёт по Причерноморской низменности. Если предок носительницы фамилии был выходцем из села или хутора в долине этой реки, его могли прозвать Исуновым — то есть «с Исуна». Такая модель образования фамилий от названий рек встречается, но нечасто, и это делает версию с гидронимом особенно интересной.

Есть и другое объяснение. Фамилия могла произойти от личного имени Исун — монгольского варианта узбекского имени Эсан. В переводе оно означает «здоровый, благополучный». Нарекая ребёнка таким именем, родители желали, чтобы сын рос крепким и сильным. Монгольские и тюркские имена в русских фамилиях — явление нередкое для южных и восточных регионов, где исторически были тесные контакты с кочевыми народами.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но гидронимическая выглядит более конкретной: она привязана к реальному месту, а не к широкому кругу тюркских имён. Впрочем, без генеалогических записей окончательный выбор сделать трудно. Сама фамилия образована с помощью типичного русского суффикса -ов, который указывает на принадлежность: Исунов — сын или потомок человека по прозвищу или имени Исун. Женская форма Исунова закрепилась за женщинами, но исторически относится к тому же роду.