Фамилия Исунов — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. На первый взгляд хочется связать её с именем Исун, но такого имени в русских святцах нет. Разгадка лежит в диалектном произношении и народной переделке крестильных имён.

Скорее всего, в основе фамилии лежит имя Иосиф. В разговорной речи на Руси его сокращали до Осип, а в некоторых говорах, особенно на севере и в Поволжье, звук «о» в начале слова могли заменять на «и» — так Осип превращался в Исип или Исуп. От формы Исуп с помощью патронимического суффикса -ов и образовали фамилию Исунов. Буква «н» вместо ожидаемого «п» — результат обычного для фамилий упрощения: Исупов через беглое произношение со временем превратился в Исунов. Подтверждение этой версии — существование фамилии Исупов, которая встречается в тех же регионах и явно родственна.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Исунов буквально значит «сын Исупа» (то есть Иосифа). Это типичная модель для русских фамилий XVI–XVII веков, когда крестьян и посадских людей начали массово записывать по отцу. Носитель фамилии — потомок человека, которого в быту звали не полным церковным именем, а простонародным вариантом Исуп.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Исун (от арабского «исм» — имя) или с древнееврейским Иешуа (Иисус). Однако для центральной России, где фамилия встречается чаще всего, объяснение через Иосифа-Осипа-Исупа гораздо правдоподобнее и лучше согласуется с типичными фонетическими процессами.

Географически Исуновы встречаются в основном в Вологодской, Архангельской областях и в Поволжье — именно там диалектное «и» вместо «о» было нормой. Сословно предки были, скорее всего, государственными крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии на -ов у знати образовывались от полных имён, а не от просторечных форм.