Фамилия Ишкенина — женская форма, а её мужской вариант — Ишкенин. Это типичная «семейная» фамилия, образованная по модели «чей?»: суффикс -ин указывает на принадлежность родоначальнику. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Ишкеня.

Самая вероятная версия происхождения корня — тюркская. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «иш» означает «работа», «дело», «труд». Суффикс -кен/-ген образует прилагательные или уменьшительные формы. Таким образом, Ишкеня могло быть прозвищем работящего человека, труженика. Возможен и другой оттенок: «иш» также переводится как «пара», «ровня», «друг», — тогда прозвище Ишкеня могло означать «дружок», «товарищ», «спутник».

Менее распространённая версия связывает фамилию с финно-угорскими корнями, характерными для северных регионов России (например, в коми-пермяцком языке есть похожие звуковые комплексы). Однако при отсутствии конкретной семантики в этих языках тюркское объяснение выглядит убедительнее.

Фамилия Ишкенина — редкая. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, в зоне исторического смешения русского и тюркского населения. Носители фамилии — потомки людей, получивших прозвище по роду занятий или по характеру, и закрепивших его в качестве родового имени в XVI–XVII веках, когда у русских крестьян и посадских людей активно формировались фамилии на -ин. Сословно это, скорее всего, крестьянский или мещанский род, без связи с дворянством.

В написании фамилии возможны варианты: Ишкенин, Ишкинин (с заменой «е» на «и» под влиянием произношения). Но корень остаётся тем же — от прозвища, которое когда-то точно и ёмко описывало человека.