Фамилия Ишкенов — отчество, образованное от мужского имени Ишкен. Скорее всего, Ишкен — это диалектный вариант древнего тюркского имени Ишхан. Разбираем имя-основу. Первая часть, «иш», в тюркских языках многозначна: «четный, парный», но также «товарищ, друг, помощник», «ровня, равноценный, подобный» и даже «народ, семья, род». Вторая часть, «хан», — титул. Изначально у кочевников Ирана и Афганистана ханом называли вождя племени. При сельджукидах и хорезмшахах слово стало обозначать княжеский титул, а в Монгольской империи XIII–XIV веков — правителя улуса.

Имя Ишкен (как и Ишхан) — составное, из двух смысловых блоков. Родители, нарекая сына таким именем, вкладывали в него пожелание: чтобы мальчик вырос достойным воином и честным человеком, равным лучшим из своего народа. Позже, в русской среде, к имени Ишкен по стандартной модели добавили патронимический суффикс -ов, закрепив значение «сын Ишкена». Так потомок человека по имени Ишкен получил фамилию Ишкенов.

Фамилия редкая, её географическое ядро — Поволжье и Приуралье, регионы, где веками соседствовали тюркские и славянские ономастические традиции. В написании нет разночтений: суффикс -ов, а не -ев, указывает на основу на твёрдый согласный (Ишкен-).