Фамилия Ишкенов образована от имени Ишкен, которое, скорее всего, является диалектным вариантом мужского тюркского имени Ишхан. Первая из них восходит к тюркскому «иш» - «четный, парный; товарищ, друг, помощник; ровня, равноценный, подобный; народ, семья, род». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). При сельджукидах и хорезмшахах слово «хан» приобрело значение княжеского титула, в Монгольской Империи в XIII-XIV веках ханом называли правителя улуса. Вполне вероятно, что нарекая ребенка таким именем как Ишкен, родители желали, чтобы их сын в будущем стал достойным воином и хорошим, честным человеком. Таким образом, потомок человека, которого звали Ишкен, со временем получил фамилию Ишкенов.