Фамилия Ишкенова образована от мужского имени Ишкен. Скорее всего, это диалектный вариант тюркского имени Ишхан. Разбираем имя по составу: первая часть восходит к тюркскому «иш» — «товарищ, друг, помощник; ровня; народ, семья, род». Вторая часть — «хан» — изначально обозначала вождя племени (у кочевников Ирана и Афганистана), а при сельджукидах и хорезмшахах стала княжеским титулом. В Монгольской Империи XIII–XIV веков ханом называли правителя улуса. Нарекая ребенка именем Ишкен, родители желали, чтобы сын вырос достойным воином и честным человеком. Потомок человека по имени Ишкен со временем получил фамилию Ишкенов.

Фамилия закрепилась в женской форме — Ишкенова. Мужской вариант — Ишкенов — встречается реже. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от тюркских основ: «чей?» — Ишкенов, то есть сын Ишкена. География фамилии связана с регионами, где исторически жили тюркские народы: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается у башкир, татар и казахов. Нередко написание путают с фамилиями Ишкеев, Ишков — они образованы от других корней, хотя звучат похоже.

Словообразовательная модель проста: основа Ишкен- + суффикс принадлежности -ов. Ударение падает на второй слог: Ишке́нова. В документах XIX века фамилия могла писаться через «а» на конце — Ишкенова, что отражает женскую форму, но в переписях фиксировалась уже как фамилия рода. Сословная принадлежность носителей не установлена: среди Ишкеновых встречались и крестьяне, и служилые люди.