Фамилия Ишекенова — вариант женского рода, мужская форма — Ишекенов. Она явно восточного происхождения, и чтобы понять её корни, нужно смотреть не в сторону славянских суффиксов, а в сторону тюркских основ. Суффикс -ов/-ева здесь — русский патронимический формант, который «пришили» к нерусской основе при оформлении фамилии по российским стандартам (обычно в XIX–XX веках в среде мусульманских народов). Сама основа «Ишекен» — сложная.

Скорее всего, она восходит к тюркскому имени или прозвищу. Первая часть «Иш-» (в тюркских языках — «работа», «дело», «труд»; также может быть компонентом личных имён, например, Ишбай, Ишмурат). Вторая часть «-екен» может быть вариантом слова «екен» (в казахском — «оказывается», «как выяснилось», но в составе имени это маловероятно). Более правдоподобно, что «Ишекен» — это сложносоставное имя, где «екен» — диалектный или искажённый вариант от «кен» («широкий», «просторный», «богатый» в тюркских языках) или от «оглан/улан» («сын», «юноша»). Тогда «Ишекен» можно перевести как «трудолюбивый сын» или «дело широкое» — прозвище, данное человеку, известному своей работоспособностью или размахом.

Географически фамилия Ишекенова чаще всего встречается среди казахов, а также у народов, исторически связанных с Казахстаном (каракалпаки, ногайцы, отчасти башкиры). Встречаемость в России невысокая, сосредоточена в Астраханской, Оренбургской областях и в Западной Сибири. В казахском языке есть похожие фамилии на -ов/-ева, образованные от имён с компонентом «Иш-» (Ишмухамбетов, Ишмуратов), что подтверждает эту модель.

Сословное происхождение: скорее всего, предки носительницы фамилии не относились к знати (султанам или торе). Фамилии на -ов/-ева у казахов чаще получали простые скотоводы, ремесленники или батыры (воины), чьё личное имя или прозвище закрепилось как родовое. Если бы основа была аристократической, она бы сохранилась без русского суффикса (например, просто Ишекен). То, что добавили -ов, говорит о том, что фамилию оформляли в канцелярии при переселении или приписке к сословию — типичная история для кочевых народов, переходивших к оседлости. В итоге: Ишекенова — это «принадлежащая потомку Ишекена», где Ишекен — человек, которого прозвали за труд или размах дел.