Фамилия Ишекова — женская форма фамилии Ишеков, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром. Основа фамилии — мужское личное имя Ишек. В татарском, башкирском и других тюркских языках имя Ишек (или Ишак) восходит к слову «иш» — «товарищ, друг, спутник». Уменьшительно-ласкательный суффикс -ек/-ак придаёт имени значение «дружок, товарищ». Таким образом, предок по мужской линии, скорее всего, получил прозвище или имя Ишек — «дружелюбный, верный товарищ». Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «ишек» может означать «осёл», но это значение вряд ли было основным для фамилии — скорее, оно вторичное и шуточное, как прозвище за упрямство.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ишек добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском роде — -ова), что буквально означает «принадлежащий Ишеку», «из рода Ишека». Это типичный случай, когда нерусское имя «обрусело» через присоединение русского окончания, и фамилия закрепилась в среде крещёных татар, мишарей или башкир, а также среди русских, живших в тесном контакте с тюркским населением.

Географически фамилия Ишековы чаще всего встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на волго-уральское происхождение рода. В отличие от многих русских фамилий на -ов, которые произошли от крестильных имён (Иван — Иванов), Ишекова стоит особняком: её корень — не церковный, а мирской, тюркский. В дореволюционных документах можно встретить написание «Ишековъ», а также вариант «Ишаков» — с тем же корнем, но через «а», что отражает диалектное произношение.

Суффикс -ов здесь не указывает на дворянское или крестьянское происхождение — он нейтрален и массово присваивался при составлении ревизских сказок в XVIII–XIX веках. Скорее всего, предки носителей фамилии были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами. Знатных родов с такой фамилией в истории не зафиксировано, что типично для поздних «бытовых» фамилий тюркского корня.