Фамилия Ишеева происходит от мужского тюркского имени Ишай. В переводе с тюркского оно означает «множься, приумножайся, увеличивайся в числе». Имя было распространено у казанских татар в XVI–XVII веках, и именно в этот период начал складываться известный княжеский род Ишеевых.

В основе фамилии лежит не просто имя, а конкретная историческая фигура. Род ведет начало от князя Ишея мурзы Барашева, внука князя Акчуры. Через его сына Исенея мурзу Ишеева Акчурина линия продолжилась. Внуки последнего — Иван Алмакаевич и Иван (Ибрагим) Алеевич — приняли крещение и служили стольниками в 1690–1692 годах. Сам Ишей мурза Барашев за 35-летнюю службу получил от царя Василия Шуйского грамоту на княжение над конялской мордвой (27 октября 1607 года). Позже, 18 мая 1613 года, эту грамоту подтвердил царь Михаил Федорович.

Формирование фамилий в этой среде шло долго, и точно определить место и время возникновения рода Ишеевых можно только после генеалогических изысканий. Однако ясно, что фамилия Ишеева — не случайное прозвище, а маркер принадлежности к конкретному княжескому роду татарского происхождения, позже влившемуся в русское дворянство.