Фамилия Ишеев напрямую связана с мужским тюркским именем Ишай. В переводе оно означает «множься, приумножайся, увеличивайся в числе» — имя-пожелание, распространённое у казанских татар в XVI–XVII веках. По этой модели образованы многие фамилии: к основе на -й прибавляется русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Ишая»). Форма без суффикса -ин (не Ишаев, а Ишеев) объясняется особенностями произношения: в живой речи гласный в конце основы мог редуцироваться, что и закрепилось в написании.

Однако у фамилии есть и конкретный исторический след. Известен татарский, а затем и русский княжеский род Ишеевых, ведущий начало от внука князя Акчуры — князя Ишея мурзы Барашева. Его сын Исеней мурза Ишеев Акчурин передал фамилию дальше. Внуки последнего — Иван Алмакаевич и Иван (Ибрагим) Алеевич — приняли крещение и служили стольниками в 1690–1692 годах. Сам Ишей мурза Барашев за 35-летнюю службу 27 октября 1607 года получил от царя Василия Шуйского грамоту на княжение над конялской мордвой, а 18 мая 1613 года её подтвердил царь Михаил Фёдорович.

Таким образом, фамилия Ишеев имеет два пласта: массовый — от имени Ишай как личного прозвища или мирского имени, и элитный — от конкретного исторического лица, основателя княжеской ветви. В обоих случаях корень один — тюркское имя со значением приумножения.