Фамилия Исекенова — редкий пример фамилии, образованной не от славянского, а от тюркского имени, и её разбор требует выхода за рамки привычной русской ономастики. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, здесь основа не прозвище и не профессия, а личное имя Исекен.

Само имя Исекен восходит к тюркским корням. Первая часть, «Ис-», — это, скорее всего, вариант имени Иса (арабская форма имени Иисус, распространённая у мусульманских народов). Вторая часть, «-екен», может быть производной от глагола со значением «быть» или от слова «кен» (широкий, просторный), но наиболее вероятно, что это уменьшительно-ласкательный аффикс. Таким образом, Исекен — это «маленький Иса» или «Исушка», что типично для тюркской модели образования имён с суффиксом -кен (ср. Еркен, Айкен).

Фамилия Исекенова — это женская форма от мужской Исекенов, которая образована по русскому шаблону притяжательных прилагательных: к основе Исекен добавляется суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Исекенов), а затем окончание -а для женского рода. Такое смешение тюркского корня и славянского суффикса — обычное дело для фамилий народов Поволжья, Урала и Казахстана, где русское делопроизводство адаптировало местные имена под стандартную модель.

Носители фамилии Исекенова — это, как правило, потомки человека по имени Исекен. Поскольку фамилия не дворянская и не купеческая (в таких случаях она бы закрепилась раньше и в более ранних документах), её появление приходится на вторую половину XIX — начало XX века, когда массово фиксировались фамилии у казахов, башкир, татар. Скорее всего, предки были скотоводами или земледельцами, а сама фамилия закрепилась за одним родом в определённом ауле или деревне.

Встретить фамилию Исекенова можно преимущественно в Казахстане и прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области). Важно не путать её с похожей по звучанию фамилией Искендерова — та восходит к имени Александр (через персидское Искандер), а Исекенова связана именно с именем Иса.