Фамилия Исекенов — один из тех редких случаев, когда фамилия образована не от полного мусульманского имени, а от его краткой, разговорной формы. В её основе лежит имя Исеке, которое является уменьшительно-ласкательным вариантом от имени Иса (арабизированная форма имени Иисус, широко распространённая у тюркских народов, принявших ислам). Суффикс -ке в тюркских языках (особенно в казахском и киргизском) придаёт имени оттенок ласки или уменьшительности: Исеке — это «маленький Иса» или «Исушка». Фамилия образована по типичной русской модели притяжательного суффикса -ов, который в сочетании с тюркской основой даёт значение «потомок Исеке» или «принадлежащий Исеке».

Географически фамилия Исекенов почти наверняка имеет казахское происхождение. В казахском ономастиконе очень часты фамилии на -ов, образованные от личных имён через промежуточную форму с суффиксами -ке, -бай, -жан. При этом само имя Иса в казахской среде могло быть как прямым религиозным именем (пророк Иса в исламе), так и именем, данным в честь деда или уважаемого предка. Форма Исеке закрепилась как самостоятельное имя, а затем перешла в фамилию.

Интересная деталь: в русской паспортной системе фамилия могла быть записана по-разному — Исекенов или Исекеев, в зависимости от того, как чиновник расслышал окончание тюркского имени. Однако вариант с -енов (Исекенов) встречается реже, чем более типичные Исеков или Исаков. Это говорит о том, что в основе лежала именно форма Исеке, а не полное Иса. Если бы фамилия образовалась напрямую от Иса, она звучала бы как Исаков.

Социально носители фамилии Исекенов — это, скорее всего, потомки казахов из северных или центральных регионов Казахстана, где в XIX — начале XX века активно шла русификация фамилий через добавление суффикса -ов. Фамилия не указывает на знатное происхождение, а говорит о том, что родоначальник был простым человеком, которого в быту звали ласково — Исеке. Никаких сведений о дворянских корнях или принадлежности к известным историческим родам у этой фамилии нет.