Фамилия Исекеиев — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание необычным звучанием и редкой для русского уха структурой. Её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, и разобрать её стоит через основу и суффикс, а не через славянскую модель.

Корень фамилии — «Исекеи» (или «Исекей»). Это личное имя, образованное от тюркского слова «исек» (в разных диалектах — «осёк», «иссек»), что означает «маленький», «младший», а иногда и «хитрый» или «ловкий». В казахской, киргизской и других тюркских антропонимических традициях такие имена давали младшим сыновьям или детям, отличавшимся особым проворством, — как пожелание удачливости и изворотливости в жизни. Аффикс «-ей» в имени Исекей — уменьшительно-ласкательный или уважительный (сравните: Бокей, Кенжебек), то есть буквально «маленький Исек» или «уважаемый младшенький».

Суффикс «-ев», которым заканчивается фамилия, — типичный русский патронимический показатель, добавленный при оформлении фамилии в официальных документах Российской империи. В тюркских языках, откуда пришла основа, фамилий в современном понимании не было: человека звали по имени отца (Исекейулы — «сын Исекея»). При переходе в русскую систему в XIX — начале XX века к имени отца прибавили стандартное окончание «-ев» (по аналогии с Иванов, Петров). Таким образом, Исекеиев дословно означает «сын Исекея» или «потомок того, кого звали Исекеем».

География фамилии сегодня почти целиком связана с Казахстаном и приграничными регионами России (Оренбургская, Астраханская области, Алтай). Встречается она редко — это не массовая фамилия, а локальная, восходящая к конкретному роду или нескольким родственным семьям. Примечательно, что в некоторых документах XIX века встречается вариант написания «Исекеев» (без второго «и»), но форма «Исекеиев» точнее передаёт исходное имя-основу: Исекеи + ев, где «и» — часть личного имени, а не суффикса.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Исекеиев стоит в одном ряду с Исекеевым, Искаковым, Исеновым (от имени Исен — «здоровый»). Все они — тюркские по корню, но обрусевшие по оформлению. Социально предки носителя фамилии были, скорее всего, скотоводами или земледельцами из казахских родов (к примеру, из Младшего или Среднего жуза), а сама фамилия закрепилась за их потомками в период массовой записи кочевого населения в метрики и переписи. Никаких известных дворянских ветвей или исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простых людей, сохранившая память о прозвище далёкого предка.