Фамилия Ишекенов — яркий пример тюркского происхождения, распространённый в среде казахов, башкир, татар и других народов, говорящих на языках кыпчакской группы. Её основа — личное имя Ишекен, которое в тюркской антропонимии образовано от слова «иш» (друг, товарищ, помощник) с уменьшительно-ласкательным суффиксом «-екен/-кен». Таким образом, Ишекен можно перевести как «дружочек», «верный спутник», «милый друг». Это имя давали с пожеланием, чтобы человек был надёжным в дружбе и всегда находил поддержку у других.

Модель образования фамилии типична для русифицированных тюркских фамилий: к основе Ишекен прибавлен русский патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность («сын Ишекена»). Такой способ массово применялся при переходе кочевых народов к оседлости и фиксации фамилий в XIX–XX веках, особенно после реформ по учёту населения в Российской империи. В самой казахской или башкирской среде фамилия могла бы звучать как Ишекенұлы (сын Ишекена) или Ишекенқызы (дочь Ишекена), но русская административная система привела к стандартной форме на -ов.

Редкость фамилии Ишекенов в том, что её корень не связан с ремеслом, профессией или географическим названием, а целиком уходит в личное имя, образованное от абстрактного понятия «дружба». В отличие от фамилий на «-бай» или «-хан», которые часто указывали на социальный статус, Ишекенов — это «фамилия-характеристика», отражающая личные качества предка. Встречается она преимущественно в Западном Казахстане, Оренбургской области и среди башкирского населения Урала, где имя Ишекен фиксировалось ещё в дореволюционных метрических книгах.

Носители фамилии могли быть из разных сословий — от скотоводов до сельских учителей, так как имя не несло элитарного оттенка. Стоит отметить, что в русском языке ударение обычно ставится на второй слог — Ишéкенов, хотя в тюркских языках оно могло падать на первый. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «ишак»; это случайное звуковое совпадение, которое не должно вводить в заблуждение.