Фамилия Ишкеева — это женская форма фамилии Ишкеев, которая, в свою очередь, является вариантом более распространённой фамилии Ишкаев. Разница в написании (Ишкеев вместо Ишкаев) возникла, скорее всего, из-за особенностей произношения в конкретном говоре или при записи фамилии в документах: безударный звук «а» после мягкого «ш» мог звучать как «е». Такие фонетические вариации — обычное дело для фамилий, записанных «на слух» в XIX — начале XX века.

В основе фамилии лежит тюркское имя Ишкай. Оно образовано по распространённой модели: к корню «иш» (в тюркских языках — «ровня, товарищ, друг») добавили уменьшительно-ласкательный суффикс «-кай». Получается, что имя Ишкай дословно значит «дружок» или «товарищ». Родители, называя так сына, желали ему вырасти надёжным и верным другом, настоящим мужчиной, на которого можно положиться.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Ишкей (от Ишкай) добавили патронимический суффикс «-ев», означающий «сын» или «потомок». Изначально Ишкеев — это отчество: «чей сын?» — Ишкеев, то есть сын Ишкая. Со временем отчество закрепилось как фамилия, и потомки человека по имени Ишкай стали носить фамилию Ишкеевы.

Суффикс «-ев», а не «-ов», указывает на то, что основа имени заканчивалась на мягкий согласный или «й» (Ишкай → Ишкеев). Это типично для фамилий, образованных от тюркских имён, которые часто оканчиваются на «-ай», «-ей», «-кай». Таким образом, фамилия Ишкеева — не просто память о предке, а точная лингвистическая метка, указывающая на его имя и на язык, из которого это имя пришло.