Фамилия Ишкеевы — один из вариантов более распространённой фамилии Ишкаевы. Разница в написании объясняется особенностями произношения в разных тюркских языках и диалектах: звук «а» в безударной позиции мог редуцироваться до «е», что и закрепилось на письме. Обе формы восходят к одному корню.

В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Ишкай. Оно образовано от корня «иш» — «ровня, товарищ, друг» — с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса «-кай». Буквально имя Ишкай можно перевести как «дружок». Давая такое имя сыну, родители желали ему стать надёжным товарищем и верным человеком. Со временем от имени Ишкай образовалась фамилия: «чей?» — Ишкаев, а в произносительном варианте — Ишкеев. Потомки человека по имени Ишкай стали Ишкеевыми.

Фамилия бытует в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской, Челябинской областях. Встречается и у чувашей, где также возможна адаптация тюркского имени через местные говоры.

Процесс закрепления фамилий у разных сословий шёл неравномерно. У тюркских народов фамилии в привычном русском оформлении (на -ев/-ов) стали фиксироваться в основном после переписей XIX — начала XX века. Поэтому, хотя само имя Ишкай древнее, фамилия Ишкеевы как наследственное родовое имя сформировалась относительно поздно. Точное время и место её возникновения в каждом конкретном роду можно установить только по архивным документам (ревизским сказкам, метрическим книгам).