Фамилия Ишанханов — одна из тех, что сразу выдают географию происхождения и религиозно-культурный контекст. Её основа — составное мусульманское имя Ишанхан, где первая часть «ишан» (от персидского «они» — почётный титул духовного наставника, главы суфийского ордена или святого) сочетается с тюркским «хан» (правитель, повелитель). Таким образом, имя Ишанхан буквально означает «господин-ишан» или «хан-святой» — типичная для Средней Азии и Поволжья форма удвоенного почтения.

Образована фамилия по русской модели: к основе добавили суффикс -ов, который в русском языке был главным способом создания фамилий от имён и прозвищ (ср. Иванов, Петров). То есть Ишанханов — «сын Ишанхана» или «потомок Ишанхана». Фамилия закрепилась в среде татар, башкир, узбеков, а также у кавказских народов, испытавших влияние ислама, но с русским патронимическим окончанием.

Интересно, что титул «ишан» в дореволюционной Средней Азии часто передавался по наследству: сыновья и внуки ишанов тоже считались святыми людьми, даже если не обладали духовным саном. Поэтому носитель фамилии Ишанханов мог происходить из семьи, где несколько поколений были религиозными авторитетами — муллами, суфийскими шейхами или просто почитаемыми старцами. Впрочем, со временем фамилия утратила прямую связь с духовным статусом и стала обычной родовой меткой.

В написании фамилии возможна путаница: в татарских и башкирских записях XIX — начала XX века её могли фиксировать как Ишанханов, Ишанхановъ или даже Ишан-Ханов. Встречается и вариант Ишанханов, где ударение, скорее всего, падает на второй слог — на «ха». В целом фамилия редкая, не входящая в сотни самых распространённых, но устойчиво сохраняющаяся в Татарстане, Башкортостане и среди диаспор Центральной Азии.