Фамилия Ишанкулов — яркий пример того, как тюркские и арабские элементы сплелись в русской фамильной модели. Её основа — составное имя Ишанкул, где первая часть «ишан» восходит к арабскому слову со значением «верующий» или «святой». В Средней Азии и в среде татар и башкир ишаном называли духовного наставника, главу суфийской общины, реже — просто уважаемого, благочестивого человека. Вторая часть «кул» — тюркское слово «раб», часто использовавшееся в именах как указание на принадлежность Богу (ср. Алтынкул, Худайкул). Таким образом, Ишанкул дословно означает «раб святого» или «раб ишана».

Русский суффикс -ов, добавившийся к основе, — стандартный способ адаптации тюркских фамилий в Российской империи. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Ишанкулов, то есть потомок Ишанкула. Фамилия недвусмысленно говорит о том, что предок носителя был мусульманином, скорее всего, из среды оседлого или полукочевого населения Средней Азии, Поволжья или Приуралья. Встречается она преимущественно у узбеков, татар, башкир и казахов, хотя в России её можно найти в Оренбургской, Челябинской областях и Татарстане.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ин, которые в тюркском мире тоже встречаются, суффикс -ов здесь — маркер поздней, «официальной» записи, когда фамилии давали по отцу при переписях или воинском учёте. Поэтому Ишанкуловы — это не обязательно прямые потомки духовного лица. Имя Ишанкул мог получить мальчик в честь деда-ишана или просто как благопожелательное имя, чтобы ребёнок рос под защитой святости. Других версий этимологии, кроме как от составного имени, у этой фамилии нет — попытки вывести её из «ишак» (осёл) лингвистически несостоятельны, так как слово «ишан» имеет совершенно другой корень и ударение.