Фамилия Ишонкулов — редкий случай, когда географическая привязка важнее морфологии. Её основа — тюркское имя Ишонкул, которое разбивается на две части: «ишон» (верующий, святой или, в более широком смысле, духовный наставник, ишан, от персидского «они» — почтительное обращение к суфийским шейхам) и «кул» (раб, слуга, в составе имён — «раб Божий»). Полное значение — «слуга святого» или «раб ишана», что указывает на религиозный контекст, а не на светское прозвище.

Суффикс -ов стандартно русифицирует фамилию, адаптируя её для русской грамматики (чей? — Ишонкулов). Но в отличие от множества фамилий на -ов, образованных от мирских прозвищ, эта почти наверняка восходит к личному имени, которое давали в семьях, связанных с исламским духовенством или почитавших местных святых (ишанов). В Средней Азии, особенно в Узбекистане, Таджикистане и южном Казахстане, ишаны были реальной социальной группой, и фамилия Ишонкулов могла означать не просто «потомок Ишонкула», а «потомок того, кто был в услужении у ишана» или «потомок человека, носящего имя в честь ишана».

Самая интересная деталь — это двойная семантическая нагрузка слова «ишон». В некоторых тюркских диалектах оно могло означать не только религиозного деятеля, но и «верного», «уверенного». Однако в контексте фамилий, особенно с компонентом «кул», религиозное значение первично. Сравните с однокоренными фамилиями Ишанов, Ишанкулов, Ишанходжаев — все они тяготеют к региону Хорезма и Ферганской долины, где институт ишанов был особенно силён в XIX — начале XX века.

Социально носители фамилии Ишонкулов, скорее всего, происходили не из высшей аристократии (султанов или ханов), а из среды духовных служителей или их потомков. Запись фамилии в метриках и советских документах закрепила именно форму с -ов, хотя в исходном тюркском варианте она могла звучать как Ишонкул (без окончания). Встречаемость фамилии крайне низкая за пределами Средней Азии, что делает её точным маркером происхождения из узбекской или таджикской этнической среды.