Фамилия Ишонкова — женская форма, а её мужской вариант — Ишонков. Это относительно редкая фамилия, в основе которой, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Ишонок. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать суффиксальную модель.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов- (в женском роде -ова). Но ключевой элемент — основа «Ишонк-». Это уменьшительная форма с суффиксом -онок/-ёнок, который в древнерусском языке обозначал детёныша животного или молодого человека. Например, «волчонок» — детёныш волка, «парнишонок» — молодой парень. Соответственно, Ишонок — это «маленький Иша» или «сын Иши».

Само имя Иша — это, вероятнее всего, сокращённая форма от крестильного имени Исайя (библейский пророк). В народной речи Исайя превращался в Ишу, Исая, а затем и в Ишу. Подобные усечения — обычное дело для русской ономастики: Григорий → Гриша, Иван → Ваня. Таким образом, Ишонков — это «сын Ишонка», то есть внук или потомок человека по имени Иша (Исайя).

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «ишак». В некоторых говорах «ишаком» называли не только животное, но и упрямого, работящего человека. Тогда Ишонок — «сын ишака», то есть прозвище, данное по характеру или роду занятий отца. Однако эта версия слабее, так как прозвища от названий животных редко образовывали уменьшительные формы на -онок для взрослых людей.

Географически фамилия Ишонков встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской областях и в Поволжье. Встречаются также варианты с другим суффиксом — Ишонкин, что указывает на ту же основу, но с другим патронимическим окончанием.

Так что ваши предки по мужской линии, скорее всего, носили имя Исайя или его просторечную форму Иша, а фамилия закрепилась за их потомками через поколение — как «внуки Ишонка».