Фамилия Ишонина — женская форма, мужской вариант — Ишонин. В основе лежит имя или прозвище Ишоня, а оно, скорее всего, связано с каноническим именем Иоанн (в русской народной традиции — Иван). Уменьшительная форма Ишоня образовалась через ряд промежуточных ступеней: Иван → Иваш → Ивашоня → Ишоня, с усечением начального слога. Такое стяжение — обычный процесс в живой речи: фамилии Ишонин и Ивашонин стоят в одном словообразовательном гнезде, просто Ишонин — более компактный вариант.

Второе возможное объяснение — связь с глаголом «ишать» или диалектным словом «иша», которое в некоторых говорах означало «еда», «пища». В этом случае Ишоней могли прозвать человека с хорошим аппетитом или того, кто кормил других. Однако эта версия менее убедительна: прозвища от корня «иш-» в значении «есть» фиксируются редко, а имя Иван в крестьянской среде было настолько распространено, что дало десятки уменьшительных форм.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ишонин — «сын Ишони», то есть потомок человека, которого в быту звали Ишоней. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин преобладают над фамилиями на -ов. Географически Ишонины чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где имена в кратких формах (Ишоня, Тимоня, Мишоня) были особенно употребительны.

Интересная деталь: фамилия Ишонин встречается в документах XVII века среди крестьян и посадских людей, что говорит о её давнем бытовании в непривилегированных слоях. В дворянских родословных книгах она не числится — это фамилия крестьянская или мещанская, что типично для форм от уменьшительных имён.