Фамилия Ишонин происходит от имени Ишоня — одной из народных, разговорных форм крестильного имени Иоанн. Само имя Иоанн в переводе с древнееврейского означает «милость Божья», а его русский вариант — Иван. В основе фамилии лежит именно производная, уменьшительная форма Ишоня, которая и дала начало родовому прозванию.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, родство. Ишонин буквально значит «сын Ишони» или «потомок Ишони». Такая модель была распространена в среде крестьян и посадских людей, где личное имя или прозвище отца переходило к детям в виде притяжательного прилагательного.

Интересно, что форма Ишоня — не единственная производная от Ивана. В русском языке существовало множество вариантов: Ишута, Ишутка, Ишаня, Ишата. Фамилия Ишонин стоит в одном ряду с Ишутиным, Ишуткиным, Ишаниным. Все они образованы от разных диалектных или просторечных «гнёзд» одного имени.

Хотя в народной этимологии иногда связывают имя Иван с прародителем славян Ваном, эта версия не находит подтверждения в научной ономастике. Современные исследователи считают её поздним домыслом, не основанным на исторических данных. Филологически надёжнее возводить фамилию к церковному Иоанн — через цепочку фонетических изменений, характерных для живой русской речи.

Покровителем имени Иоанн считается Иоанн Креститель (Предтеча) — ближайший предшественник Иисуса Христа, предсказавший пришествие Мессии и крестивший его в водах Иордана. Однако напрямую связывать фамилию Ишонин с этим библейским персонажем не стоит: в основе фамилии — не сам святой, а обиходное имя человека, которому его дали в честь святого при крещении.

Географически фамилия Ишонин встречается в разных регионах, но чаще — в центральной России и Поволжье. Встречается она и в среде староверов, где были распространены архаичные формы имён. Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается однозначно: Ишонины могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовенством — точных данных об исключительной принадлежности к одному сословию нет.