Фамилия Ионин образована от мужского канонического имени Иона, которое в переводе с древнееврейского означает «голубь» или «терпеливый». Модель образования здесь простейшая и самая распространённая в русской ономастике: суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Изначально Ионин — это «сын Ионы» или, в более широком крестьянском быту, «человек из семьи Ионы». В святцах имя Иона носили несколько святых, в том числе пророк Иона, который провёл три дня во чреве кита, — это сделало имя известным на Руси, хотя популярным оно никогда не было. Именно редкость имени-основы и выделяет фамилию Ионин среди сотен других «птичьих» фамилий (Голубев, Соколов): она не от прозвища, а напрямую от крестильного имени, и потому несёт не столько бытовую, сколько церковную традицию. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — там, где имя Иона встречалось в крестьянской среде чаще, чем в южных губерниях. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Ионин упоминается в ряду патронимических фамилий от редких канонических имён, что подтверждает её книжное, а не уличное происхождение. Встречаются также варианты написания с двойным «н» — Ионнин, но это скорее исключение, связанное с поздней канцелярской ошибкой. От той же основы образованы фамилии Ионов и Ионичев, но Ионин — самая прямая и древняя форма. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был потомком человека по имени Иона, возможно, выходца из духовного сословия или старообрядческой среды, где старые библейские имена держались дольше всего.