Фамилия Ионины происходит от мужского имени Иона. В основе лежит древнееврейское слово, означающее «голубь» или, по некоторым толкованиям, «терпеливый». Имя это каноническое, церковное, и в святцах оно связано с несколькими библейскими персонажами, самый известный из которых — пророк Иона.

Фамилия образована по простой и распространённой в русском языке модели: к основе имени добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Ионин — это буквально «сын Ионы» или «потомок Ионы». Такая форма типична для фамилий, возникших от имён, оканчивающихся на -а или -я (Иона, Никита, Фома → Ионин, Никитин, Фомин).

Интересно, что имя Иона в старину было нередким, особенно в среде духовенства и крестьянства. Благодаря этому фамилия Ионин встречается в разных регионах, но сконцентрирована больше на севере и в центральной России, а также в Поволжье. В некоторых говорах фамилия могла закрепиться и от прозвища Иона, данного за спокойный, «голубиный» нрав, хотя основная версия — прямая связь с крестильным именем.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые происходят от имён на твёрдый согласный (Иван → Иванов), форма на -ин подчёркивает, что основа заканчивалась на гласный. Поэтому Ионины — это не просто вариант, а грамматически точный след древнего имени, которое носил их предок.