Фамилия Ионина — одна из тех, что образованы от полного канонического имени напрямую, минуя уменьшительные формы. В основе лежит мужское имя Иона. С древнееврейского оно переводится как «голубь», что в библейской традиции — символ мира и чистоты. В русской православной культуре имя Иона получило распространение благодаря нескольким святым, в том числе митрополиту Московскому Ионе, жившему в XV веке.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилия Ионина буквально означает «дочь (или жена) Ионы». Для мужского варианта Ионин значение то же — «потомок, человек из рода Ионы». Этот суффикс — один из древнейших в русской фамильной системе, он характерен для фамилий, образованных от существительных или имен, оканчивающихся на -а или -я.

Интересно, что, в отличие от многих фамилий, которые со временем «застыли» в форме родительного падежа (как Иванов), Ионин с самого начала воспринимался как притяжательное прилагательное. Это говорит о том, что прозвище или имя родоначальника (самого Ионы) было в семье хорошо известно и не нуждалось в дополнительных пояснениях.

Географически фамилия Ионина встречается в разных регионах России, но заметна её концентрация в центральных областях, а также в Поволжье. Это связано с тем, что имя Иона было особенно популярно в среде духовенства и крестьянства именно этих земель. В некоторых случаях фамилия могла возникнуть не напрямую от имени, а от названия населённого пункта вроде Ионино или Ионово — такие деревни есть в нескольких областях, и переселенцы нередко получали фамилию по месту выхода.

Спорных версий происхождения у этой фамилии почти нет. Единственное, что иногда обсуждают ономасты, — это возможная связь с греческим словом «иония» (ионический, то есть относящийся к древнегреческой области Иония). Однако эта версия искусственна: в русской крестьянской и мещанской среде, где формировалось большинство фамилий, такие книжные заимствования маловероятны. Правдоподобнее всего — именно имя Иона, хорошо знакомое по святцам.

Редкий суффикс -ин при имени на -а даёт фамилии вроде Ионин, Фомин, Савин, Ильин — они образуют компактную группу, где основа и окончание имени совпадают с окончанием фамилии. Это делает фамилию Ионина фонетически естественной, легко запоминающейся и однозначно указывающей на своё происхождение.