Фамилия Ионова — одна из тех, что образована от полного крестильного имени, а не от уменьшительной или прозвищной формы. Её основа — мужское имя Иона, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка. Имя это имеет два основных толкования: «голубь» и «терпеливый». Оба смысла напрямую связаны с библейским пророком Ионой, который, согласно Ветхому Завету, провёл три дня во чреве кита — отсюда и второе значение, как символ долготерпения.

Модель образования здесь простейшая и одна из самых распространённых в русском языке: к основе имени добавили притяжательный суффикс -ов, а затем окончание -а (для женского рода). В мужском варианте фамилия звучит как Ионов. Такая форма указывает на то, что родоначальник — конкретный человек по имени Иона. Фамилии на -ов/-ев в массе своей принадлежали крестьянам, мещанам и духовенству, и Ионова не исключение: она могла появиться в любой среде, где имя Иона было в ходу.

В православных святцах день памяти пророка Ионы приходится на 5 октября (по новому стилю). Скорее всего, основатель рода Ионовых получил своё имя именно в честь этого святого — по традиции, ребёнка нарекали именем того угодника, чья память приходилась на день рождения или крещения. Имя Иона никогда не было массовым, но и редким его не назовёшь: оно устойчиво бытовало в среде духовенства и в купеческих семьях, особенно в центральных губерниях России.

Стоит обратить внимание на одну особенность: фамилия Ионова легко путается с похожей по звучанию, но совсем другой по происхождению фамилией Ионова (через букву «ё»). Второй вариант связан с греческим именем Иоанн (Иван) и его народной формой Ион. Однако в случае с Ионовой мы имеем дело именно с библейским Ионой — это подтверждается и церковной традицией, и словообразовательной моделью, где корень сохраняет ударение на первом слоге.

В географическом отношении фамилия встречается по всей России, но заметно чаще — в регионах, где было сильно влияние старообрядчества и духовного сословия: в Поволжье, на Урале, в Сибири. Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, известных каждому, — это рядовая, «рабочая» фамилия, которая тем не менее хранит память о давней традиции именования в честь ветхозаветного пророка.