Фамилия Ионов образована от канонического мужского имени Иона. В переводе с древнееврейского это имя означает «голубь» или «терпеливый». Скорее всего, основатель рода получил имя в честь одного из святых покровителей, библейского пророка Ионы, день памяти которого приходится на 5 октября.

В основе фамилии лежит простая и распространённая модель: к имени Иона добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — «Ионов»). Это значит, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Иона, то есть «Ионов сын». Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственная фамилия.

Интересно, что имя Иона в русской традиции не было редким. Его носили не только простые крестьяне, но и представители духовенства — например, митрополиты и епископы. Поэтому фамилия Ионов могла возникнуть в разных сословиях, не обязательно в церковной среде. Встречается она и в форме Ионовых — с окончанием -ых, характерным для северных и сибирских говоров, где фамилии часто склонялись как прилагательные во множественном числе.

В некоторых говорах имя Иона произносили как Ион, без окончания -а, что дало начало фамилии Ионов напрямую от разговорной формы. Эта деталь отличает её от фамилий вроде Ионин, где основа — Ионя (уменьшительная форма). Таким образом, Ионов — одна из тех фамилий, которые сохранили в себе не только имя предка, но и отголоски народного произношения.