Фамилия Ион — это краткая, «усечённая» форма от полного крестильного имени Иона. В основе лежит не каноническая, а народная, обиходная версия имени, где конечная гласная отпала. Такое стяжение — характерная черта русской разговорной речи: Иона превращался в Иона, а затем и в Иона, что и закрепилось в фамилии. Суффикса в классическом понимании здесь нет: фамилия образована бессуффиксным способом, напрямую от личного имени, что встречается реже, чем фамилии на -ов или -ин, и указывает на возможное непростое происхождение — иногда так оформляли прозвища или фамилии в среде духовенства и крестьянства.

Само имя Иона, как указано, древнееврейского происхождения, означает «голубь» или «терпеливый». Покровитель — библейский пророк Иона, чья история уникальна: он проповедовал не среди иудеев, а в языческой Ниневии, столице Ассирии. Жители города раскаялись, и Господь отменил наказание, что сделало Иону символом миссионерства и покаяния. Эта библейская подоплёка придаёт фамилии не только религиозный, но и исторический оттенок: носитель фамилии Ион мог происходить из семьи, где имя Иона почиталось как родовое, либо быть потомком священнослужителя, взявшего фамилию по имени святого.

Географически фамилия Ион встречается не так широко, как её полные варианты (Ионов, Ионин). Она более характерна для западных и южных регионов бывшей Российской империи — Украины, Беларуси, Молдавии, где усечение имён было особенно распространено. Также нельзя исключать, что в редких случаях фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища, связанного с библейским сюжетом — например, «Ион» могли прозвать терпеливого или мирного человека (по значению «голубь»). Однако основная, наиболее достоверная версия — происхождение от разговорной формы крестильного имени Иона.