Фамилия Ионенко — типичный пример украинской фамилии, образованной от канонического мужского имени Иона. В переводе с древнееврейского это имя означает «голубь» или «терпеливый». Суффикс -енко в украинской ономастике — один из самых продуктивных: он указывал на родство по отцу, то есть Ионенко буквально понималось как «сын Ионы» или «потомок Ионы». Такая модель сложилась в XVI–XVII веках в среде запорожского казачества и крестьянства Поднепровья, а позже распространилась на Левобережье и Слобожанщину.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность (например, Ионов — «чей?»), украинские фамилии на -енко подчёркивали именно родственную связь по прямой мужской линии. Это делало их особенно удобными для сельских общин, где отчество постепенно превращалось в наследственное прозвание. Имя Иона в православных святцах встречается нечасто, но хорошо известно благодаря библейскому пророку Ионе, которого, по преданию, проглотил кит. Поэтому, хотя носителей имени было меньше, чем, скажем, Иванов или Петров, фамилия Ионенко не является редкой — её корень узнаваем в церковной и культурной традиции.

Встречается и вариант написания через «о» — Йоненко, но он менее распространён и чаще связан с особенностями диалектного произношения на западе Украины. Поскольку фамилия образована от имени, а не от прозвища или ремесла, её носители в прошлом могли принадлежать к разным сословиям: от казаков до крестьян. Специальных исторических сведений о каком-то одном роде Ионенко нет, но это типичная украинская патронимическая фамилия, которая и сегодня встречается в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.