Фамилия Ионенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Иона. Каноническое мужское имя Иона в переводе с древнееврейского означает «голубь» или «терпеливый». Поэтому Ионенко буквально понималось как «сын Ионы».