Фамилия Ионинко — редкий случай, когда на первый план выходит не корень, а суффикс. По модели образования это типично украинская фамилия: суффикс -енко (в русской передаче часто пишется как -енко, но здесь мы видим -инко) указывает на «малого», «сына» или «потомка». В украинской ономастике фамилии на -енко массово формировались в XVII–XVIII веках, особенно на Левобережье и Слобожанщине. Форма Ионинко вместо ожидаемого Ионенко — результат фонетических процессов или особенностей местного говора: в некоторых украинских диалектах «е» переходило в «и», особенно в безударной позиции. Поэтому перед нами не опечатка, а живое произношение, закреплённое в документах.

Основа фамилии — личное имя Иона. Это библейское имя древнееврейского происхождения, означающее «голубь». В православных святцах оно известно по ветхозаветному пророку Ионе. На Руси имя было не самым распространённым, но встречалось в крестьянской и мещанской среде, особенно в южных губерниях. От него образовались фамилии Ионов, Ионин, а также украинские варианты с суффиксом -енко. Ионинко — один из них, указывающий на прямого потомка человека по имени Иона: буквально «сын Ионы» или «маленький Иона».

Географически фамилия привязана к Украине, вероятнее всего — к Черниговской, Полтавской или Харьковской областям, где фамилии на -енко особенно плотно бытовали. В России она встречается как результат миграций, но крайне редко. Других версий происхождения, например от прозвища или профессии, не прослеживается: корень прозрачен, и альтернативные гипотезы здесь излишни.

Сословная принадлежность носителей Ионинко, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Суффикс -енко в украинской среде не указывал на дворянство, а был массовым способом образования фамилий у простого люда. Если и были исключения, то единичные. Таким образом, фамилия Ионинко — это точный и редкий по написанию маркер украинского происхождения, связанный с библейским именем и историей южнорусских земель.