Фамилия Ионинская — редкий случай, когда украинская модель образования фамилий сочетается с книжным, церковным именем. В её основе лежит крестильное имя Иона, которое восходит к древнееврейскому слову со значением «голубь»; в христианской традиции это имя связано с ветхозаветным пророком, которого поглотил кит. Однако отличительная черта фамилии — суффикс -ск-, который в украинской ономастике чаще всего указывал на происхождение из определённой местности, а не на прямую связь с отцом. То есть Ионинский — это не «сын Ионы», а скорее «выходец из села или хутора, названного в честь Ионы», либо потомок человека, который получил прозвище Иона за свою кротость или терпение.

В отличие от более распространённых Иониных, Ионовых или Ионичевых, фамилия Ионинская встречается редко. В дореволюционных переписях её могли фиксировать с вариациями окончания: Ионинский, Ионинская, Ионинские — в зависимости от пола и сословной записи. Анализ бытования показывает, что носители фамилии чаще всего связаны с территориями исторической Полтавщины и Черниговщины, где были популярны именования на -ский/-ская. Точное место и время возникновения рода Ионинских можно установить только при глубоких генеалогических изысканиях, но сама фамилия — яркий пример того, как церковное имя, пройдя через географическую привязку, превратилось в наследственное родовое имя.