Фамилия Ишонин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Ишонин послужило церковное имя Иоанн. Крестильное мужское имя Иоанн в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Русский вариант этого имени - Иван, вероятно, происходит от прародителя славян Вана, поскольку в древности всех славян называли «ванами». В основу фамилии легла производная форма имени — Ишоня. Покровителем имени является Иоанн Креститель (Предтеча) — ближайший предшественник Иисуса Христа, предсказавший пришествие Мессии. Он крестил в водах Иордана Иисуса Христа, затем был обезглавлен из-за козней иудейской царевны Иродиады и ее дочери Саломеи. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ишоня, со временем получил фамилию Ишонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Ишонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ишонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.