Фамилия Ишонин — одна из тех, что при ближайшем рассмотрении оказывается не такой очевидной, как кажется. Её основа — имя Ишоня, которое, скорее всего, является производной, «домашней» формой от крестильного имени Иоанн. Иоанн — древнееврейского происхождения, означает «милость Божья», а его русский бытовой вариант — Иван. Образование фамилий через суффикс -ин от подобных кратких имён — одна из самых распространённых моделей в русской ономастике: если глава семьи был Ишоня, то его дети и домочадцы становились Ишониными.

Версия с происхождением от имени Иоанн — основная и наиболее правдоподобная. Однако стоит заметить, что в народной этимологии иногда пытаются связать корень «иш-» с тюркскими языками, где «иш» означает «работа», «дело» или «друг». Но для фамилии Ишонин такое объяснение слабое: во-первых, русский суффикс -ин однозначно указывает на славянскую, а не тюркскую модель образования, а во-вторых, в тюркских фамилиях на -ин встречаются крайне редко. Поэтому версия с церковным именем Иоанн остаётся основной.

Покровитель имени Иоанн — Иоанн Креститель (Предтеча), предсказавший пришествие Мессии и крестивший Иисуса Христа в водах Иордана. Его история хорошо известна: он погиб, обезглавленный по требованию царевны Саломеи. Фамилия Ишонин, таким образом, восходит к имени, которое носило множество святых и простых людей на Руси, а её корень — Ишоня — отражает ту живую, разговорную традицию именования, которая существовала в крестьянской и посадской среде.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и фамилии на -ин от имён на -оня (Ишоня, Мишоня, Тишоня) были особенно распространены в северных и центральных губерниях России. В любом случае, Ишонины — это фамилия, за которой стоит не просто имя, а целый пласт народной культуры и традиции имянаречения.