Фамилия Ишонов — одна из тех, где основа ясна, а точное значение ускользает. Корень здесь — Ишон. Это имя или прозвище, которое могло попасть в русскую среду двумя путями, и оба ведут на восток.

Первый и самый вероятный вариант: Ишон — это тюркское имя. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском) есть основа «иш» со значением «друг», «товарищ», «спутник». Уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -он (как в именах Надыр — Надыршон) даёт имя Ишон — буквально «дружок», «товарищ». В этом случае фамилия Ишонов — классическая русская патронимическая модель на -ов: «сын Ишона». Такие фамилии массово возникали у крещёных татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья в XVIII–XIX веках, когда им давали русские фамилии по отцу.

Второй вариант, менее распространённый, но тоже возможный: связь с персидским или таджикским словом ишон (или ишан) — так называли духовного наставника, главу суфийской общины. В Средней Азии это был почётный титул. Если предок носителя фамилии был связан с исламским духовенством, прозвище Ишон могло закрепиться за ним или его детьми. Однако в русской фамилии, скорее всего, отразилось именно бытовое имя, а не титул: суффикс -ов указывает на «принадлежность отцу», а не на «сына святого».

Географически фамилия Ишонов сегодня встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди татарской диаспоры в других регионах России. Это редкая фамилия, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких родов, расселившихся в этих краях.

Морфологически фамилия проста: основа Ишон + патронимический суффикс -ов. Ударение, судя по типовой модели, падает на второй слог: Ишо́нов. В написании путаницы нет — только через «о» во втором слоге, хотя в бытовой речи возможны варианты произношения.

Если коротко: Ишоновы — потомки человека по имени или прозвищу Ишон, скорее всего, тюркского происхождения, означавшего «друг» или «товарищ». Фамилия крестьянская или мещанская, без дворянского следа, и её история укладывается в обычную для восточных окраин России схему: тюркское имя плюс русский суффикс.