Фамилия Игонов образована от имени Игон — просторечной, обиходной формы крестильного имени Игнат (церковное Игнатий). В латинском языке Ignātius означает «неведомый, неизвестный». Имя Игон — результат типичного для русской народной традиции сокращения: от полного Игнатий отсекли часть, и получилась короткая, удобная в быту форма, от которой затем и возникла фамилия с патронимическим суффиксом -ов: Игон → Игонов. Такой способ словообразования — один из самых распространённых в русской ономастике: суффикс -ов буквально отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность потомку человека по имени Игон.

В православных святцах известно пятнадцать святых с именем Игнатий. Самый почитаемый из них — Игнатий Богоносец (Игнатий Антиохийский), священномученик Древней Церкви, третий епископ Антиохийский, ученик Иоанна Богослова. Он занимал Антиохийскую кафедру предположительно с 68 года. Именно в честь этого святого многие мальчики получали имя Игнатий, а в быту превращались в Игонов, Игонь, Игоней.

Фамилия Игонов встречается реже, чем производные от полного имени Игнатий (Игнатов, Игнатьев), что делает её интересной с точки зрения регионального бытования. В старых документах можно встретить варианты написания с одной «н» — Игонов, что ещё раз подтверждает её народное, нецерковное происхождение. Носители фамилии могли происходить из крестьянской или мещанской среды, где сокращённые имена были нормой общения.