Фамилия Игонова образована от мужского имени Игон. Чаще всего Игон — это производная, разговорная форма церковного имени Игнат (каноническая форма — Игнатий). Имя Игнатий восходит к латинскому ignatus, что значит «неведомый» или «неизвестный». В православных святцах почитается пятнадцать святых с этим именем, самый известный из которых — Игнатий Богоносец, он же Игнатий Антиохийский. Он был учеником Иоанна Богослова, третьим епископом Антиохийским и священномучеником Древней Церкви; его служение пришлось на время апостола Петра, а кафедру он занимал предположительно с 68 года.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе имени Игон добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Игона). Фамилия в мужском роде пишется Игонов, в женском — Игонова. Поскольку имя Игон было распространено в простонародной среде, а не в дворянской или духовной, основатель рода Игоновых, скорее всего, был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником. Фамилия встречается в центральных и северных областях России, где имя Игнат в обиходе часто сокращали до Игон или Игоня, что и закрепилось в родовом прозвании.