Фамилия Иконин образована от прозвища Икона. В основе — нарицательное «икона», то есть живописное изображение Христа, Богоматери или сцен из Священного Писания, предмет поклонения. Прозвище, скорее всего, относилось к профессиональным именованиям: так могли назвать иконописца, мастера, который писал образа. В русской ономастике модель «ремесло → прозвище → фамилия» встречается сплошь и рядом, и Иконин — один из таких случаев.

Менее вероятно, что Иконой прозвали глубоко верующего, набожного человека. Эта версия слабее: прозвища от названий культовых предметов обычно указывают на занятие, а не на личные качества. В словарях прозвищных имён (например, у С. Б. Веселовского) встречаются Икона и Иконка именно в значении «иконописец» или «торговец иконами», что подтверждает профессиональную версию.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Икон- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Иконы). Такая модель типична для центральных и северных русских земель. Географически фамилия Иконин встречается в основном в Поволжье и центральных областях России, что косвенно связано с развитием иконописных промыслов в этих регионах.

Однокоренные фамилии — Иконников, Иконописцев — прямо называют ремесло. Иконин стоит в этом ряду, но звучит как отчество, а не как прямая профессия: предок был не «иконником», а «Иконой» — прозвище закрепилось за человеком, а уже потом перешло в фамилию.