Фамилия Ишанкулова женская; её мужская пара — Ишанкулов. Ударение, скорее всего, падает на предпоследний слог: Ишанку́лова.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для тюркских фамилий, особенно распространённых в Средней Азии и среди татар. Основа — имя или прозвище Ишанкул (Ишан-кул). Первая часть, «ишан», — это духовный титул в исламе суфийского толка. Ишаном называли главу суфийской общины (мюридов), наставника, которому приписывали святость и дар чудотворства. В народной среде это слово могло стать частью имени, указывая на религиозность или происхождение от такого наставника. Вторая часть, «кул», с тюркских языков переводится как «раб, слуга». В составе имён «кул» означает «раб Божий» (ср. Аллакул, Худайкул). Таким образом, Ишанкул — сложное имя со значением «слуга (или раб) ишана».

Фамилию образовали по русской модели: к основе Ишанкул добавили суффикс -ов (в женском роде — -ова). Такой способ — русская патронимическая приставка к тюркскому имени — характерен для народов, вошедших в состав Российской империи в XIX веке, когда массово фиксировали фамилии по отцу.

Географически фамилия Ишанкулова встречается прежде всего в Узбекистане, Таджикистане, а также среди казанских и крымских татар. Реже — у башкир и казахов. Поскольку основой послужил религиозный титул, предок носителя фамилии мог быть либо потомком ишана, либо человеком, получившим такое прозвище за набожность или род занятий. В отличие от многих фамилий, образованных от бытовых прозвищ, эта несёт явный отпечаток исламской духовной иерархии.

Интересно, что фамилия не переводится буквально как «сын ишана» (что было бы логично при суффиксе -ов), а скорее как «принадлежащий к роду Ишанкула». То есть имя предка Ишанкул уже само по себе указывало на связь с ишаном, а фамилия лишь закрепила эту родовую память. Встречается и вариант написания Ишанкулова с буквой «х» в корне (Ишанхулова), что отражает особенности произношения в некоторых тюркских диалектах, но это более редкая форма.