Фамилия Ишарина — женская форма, а её мужской вариант — Ишарин. В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Ишара. Такие прозвища в русской традиции не редкость: они могли указывать на внешность, манеру поведения или ремесло.

Корень «ишар» — тёмный. Скорее всего, он восходит к диалектному слову «ишара» — знак, намёк, жест. В некоторых говорах так называли человека, который объяснялся жестами, молчуна или, наоборот, того, кто подавал условные знаки. В ономастике известны фамилии от прозвищ, образованных от глагола «ишарить» (подавать знаки), хотя это слово не общеупотребительное. Версия с тюркским корнем «иш» (работа, дело) менее убедительна: для фамилии на -ин нужна основа на -а, а тюркские имена обычно дают другие модели.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ишарин — «сын Ишары». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале, но без массового распространения.

В дореволюционных записях фамилия могла писаться через «о» — Ишарин, Ошарин, что связано с акающим произношением. Встречаются варианты с двойной «р» — Ишшарин, но это редкое искажение.

Таким образом, предок носителей фамилии Ишарин — человек, которого в округе знали по прозвищу Ишара. Кем он был — сказать сложно: возможно, молчаливым, возможно, хитрым, подававшим знаки, но точно не рядовым крестьянином без яркой черты, раз прозвище закрепилось и перешло в фамилию.