Фамилия Ишигенов — характерный пример восточного, скорее всего бурятского или монгольского, происхождения, адаптированного русской моделью фамилии. Её основа — мужское имя Ишиген, которое в свою очередь восходит к тибетско-буддийскому имени Иши (тиб. ཡེ་ཤེས, ye shes — «мудрость, знание»). Формант -ген — распространённый в бурятском и монгольском языках уменьшительно-ласкательный суффикс, который превращает имя в «маленький Иши» или «сын Иши». Таким образом, Ишиген — это не прозвище, а личное имя, данное ребёнку с пожеланием мудрости, возможно, в ламаистской традиции.

Фамилию образовали по классической русской модели: к основе Ишиген добавили патронимический суффикс -ов, означающий «принадлежащий Ишигену», то есть «сын Ишигена». Такой способ — типичный для русификации нерусских имён в XIX–XX веках: бурятские имена переоформлялись в фамилии с помощью суффиксов -ов/-ев, реже -ин. Поэтому Ишигенов — это «сын человека по имени Ишиген».

Географически фамилия тяготеет к регионам традиционного проживания бурят: Забайкалье, Бурятия, Иркутская область. Встречается она нечасто, что указывает на локальное бытование. В отличие от фамилий, образованных от русских прозвищ, Ишигенов не содержит в себе намёка на ремесло или внешность предка — её корень сугубо именной, религиозного (буддийского) происхождения. Среди однокоренных фамилий можно назвать Ишигенов, Ишиев, Ишинов, но Ишигенов выделяется редким суффиксом -ген, который в русских фамилиях почти не встречается — это прямое заимствование из бурятской антропонимии.

По социальному статусу носители фамилии могли быть как рядовыми скотоводами, так и выходцами из буддийского духовенства (лам), но точных данных о сословной принадлежности нет. Важно понимать: фамилия не «крестьянская» и не «дворянская» в привычном русском смысле — она отражает этническую и религиозную среду, в которой имя Ишиген было обычным.