Фамилия Ишимгужин образована от тюркского составного имени Ишимгужа. Первая часть — «ишим» — восходит к тюркскому «иш» (дело, работа, занятие) или к башкирскому «ишем» (мой товарищ, мой друг). Вторая часть — «гужа» — это фонетический вариант слова «хужа» (хозяин, господин, владелец), распространённого у башкир, татар и других тюркских народов. Таким образом, имя Ишимгужа могло означать «деловой хозяин», «трудолюбивый господин» или «товарищ-хозяин». Фамилия зафиксирована с русским патронимическим суффиксом -ин, который в данном случае присоединился к основе на -а, что типично для адаптации тюркских имён в русской среде: Ишимгужа → Ишимгужин («чей?» — сын Ишимгужи).

Ареал фамилии указывает на башкирское происхождение. Ишимгужины встречаются преимущественно в Башкортостане, особенно в южных и восточных районах, а также среди башкирских переселенцев в соседних областях. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия фиксируется с середины XVIII — начала XIX века, когда башкиры массово получали фамилии по имени отца. Сословно носители относились к башкирскому военно-служилому сословию или тептярам, но однозначно определить это без генеалогического исследования по конкретной ветви сложно.

Интересная деталь: в некоторых диалектах башкирского языка слово «ишим» имеет значение «работа», а в татарском — «дело». Однако в башкирской ономастике встречаются имена с корнем «иш» в значении «пара, ровня» (например, Ишбулат — «равный булату»). Для фамилии Ишимгужин эта версия менее вероятна, так как сочетание «иш» + «гужа» логичнее складывается в смысл «хозяин дела», а не «равный хозяину». Фамилия не входит в число распространённых — её носителей насчитывается, по разным данным, от нескольких сотен до полутора тысяч человек, что делает её редкой и территориально локализованной.