Фамилия Ишемгужин — редкий и показательный пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую паспортную систему, превратилось в фамилию. В основе лежит башкирское или татарское мужское имя Ишемгужа. «Ишем» означает «мой товарищ», «мой друг», а «гужа» — вариант слова «хужа» (хозяин, господин). Вместе имя переводится как «товарищ-хозяин» или «друг-господин» — типичное для тюркских народов составное имя с пожеланием социального статуса и надёжного окружения.

Фамилия образована по самой распространённой в России модели: к основе Ишемгужа добавили русский патронимический суффикс -ин. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ишемгужин, то есть сын Ишемгужи. Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы увидели суффикс -ов (Ишемгужев), но в данном случае финальный гласный «а» дал именно -ин.

Географически фамилия почти наверняка происходит из южного Урала или Приуралья — из Башкортостана, Оренбургской области или Татарстана. Там составные имена с компонентом «гужа» (хозяин) встречаются особенно часто. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эту фамилию могли записывать иначе: Ишемгузин, Ишмугужин, а то и просто Ишемгужа — без суффикса, как фамилию-прозвище.

Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, относились к башкирам-вотчинникам или государственным крестьянам из татар. Дворянских корней здесь нет: фамилия образована от личного имени, а не от географического названия или прозвища, связанного с владением землёй. Встречаются варианты с ударением на второй слог (ИшемгУжин) и на третий (ИшемгужИн) — оба допустимы в разговорной речи, хотя литературная норма склоняется к ударению на «у».