Фамилия Ишмулкины — это русифицированная форма, образованная от тюркско-арабского имени Ишмулла. В основе лежит сложное имя: «иш» переводится как «друг, товарищ, ровня», а «мулла» — это «образованный человек, учитель, наставник, проповедник». Мулла в мусульманской традиции — низший чин духовенства, часто без специального теологического образования. Имя Ишмулла, таким образом, можно понять как «друг муллы» или «товарищ наставника».

В русской среде имя Ишмулла приобрело просторечную форму Ишмулка — по той же модели, что, например, Абдулка от Абдуллы. От этой формы и появилась фамилия Ишмулкин, а затем и её множественная форма Ишмулкины, типичная для обозначения целого рода или семьи.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, в эпоху активных контактов русских княжеств с тюркскими народами — выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. В то время многие нерусские по происхождению люди поступали на русскую службу и получали земли, а их имена и прозвища ложились в основу фамилий. Фамилия Ишмулкин — один из таких памятников восточной письменности и культуры, закрепившийся в русском языке.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Ишмулки». Сама фамилия относится к разряду патронимических, то есть образованных от личного имени отца. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у великорусов, суффикс -ин распространён и в южных, и в восточных регионах, что косвенно подтверждает возможную географию бытования фамилии — Поволжье, Приуралье или территории бывшего Казанского ханства, где смешение тюркских и славянских элементов было особенно сильным.

Споров о происхождении основы почти нет: тюркско-арабское имя Ишмулла хорошо документировано. Альтернативные версии, связывающие фамилию с другими корнями, выглядят натянутыми и не имеют серьёзной ономастической поддержки. Сословная принадлежность первых носителей могла быть разной: от служилых людей и мелкопоместных дворян до крестьян, получивших фамилию при переписях. Точных данных о конкретных дворянских родах Ишмулкиных в открытых источниках нет, но сам факт проникновения тюркского имени в русскую фамильную систему говорит о давних и тесных межкультурных связях.