Фамилия Ишнатьева — женская форма мужской фамилии Ишнатьев, которая встречается нечасто. Её основа — это нестандартное, диалектное или искажённое произношение канонического имени Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). В русских говорах, особенно на севере и в Поволжье, начальное «иг» могло переходить в «иш»: так Игнат превращался в Ишната. Фамилия образована по самой распространённой модели — с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный. То есть Ишнатьев — это буквально «сын Ишната», где Ишнат — разговорная форма крестильного имени Игнатий.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с тюркскими корнями. В языках народов Поволжья (татарском, башкирском) есть слово «иш» — «товарищ, помощник», а «ишна» могло бы быть формой со значением «дружный». Однако эта гипотеза слабая: фамилия фиксируется преимущественно в русскоязычной среде, и её словообразование (суффикс -ев) типично для русских фамилий, а не для тюркских, где чаще встречаются окончания на -ов и -ин.

Географически фамилия Ишнатьев (и Ишнатьева) тяготеет к регионам, где было сильное влияние северных говоров: Архангельская, Вологодская области, а также Зауралье. В этих местах имя Игнат часто произносили как «Ишнат», и фамилия закрепилась именно в таком звучании. Сословного барьера у неё не было — её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, хотя в церковной среде чаще использовали книжную форму Игнатьев.

Интересная деталь: фамилия Ишнатьева — пример того, как живая речь пересилила церковное написание. В метрических книгах XIX века одного и того же человека могли записать то как Игнатьев, то как Ишнатьев, в зависимости от грамотности писаря и местного говора. Сегодня эта фамилия — маркер того, что предки скорее всего не принадлежали к столичной или грамотной элите, а жили в глубинке, где язык менялся по своим законам.