Фамилия Ишпаев — редкая, и её происхождение уходит корнями в тюркскую языковую среду. В основе, скорее всего, лежит мужское имя Ишпай, которое могло быть составным: первая часть «иш» с тюркских языков переводится как «работа», «дело» или «товарищ», а вторая — «пай» (доля, часть, счастье). Таким образом, имя Ишпай могло означать «деловой», «товарищ по доле» или «человек, имеющий долю в общем деле». У башкир и татар имя Ишпай известно, что подтверждает его восточное происхождение.

Суффикс «-ев» в фамилии указывает на принадлежность: Ишпаев — сын Ишпая. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от тюркских корней, когда к основе имени добавлялся русский патронимический суффикс. Фамилия встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане и в Оренбургской области — регионах, где исторически жили башкиры и татары.

Учитывая, что имя-основа не связано с ремеслом или прозвищем, а происходит от личного имени, предки носителей фамилии Ишпаев были, вероятно, крестьянами или воинами, получившими фамилию по отцу. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется в дворянских родословных, что говорит о её простонародном происхождении.

Интересно, что фамилия Ишпаев не имеет широко известных однокоренных вариантов — Ишпаевых гораздо меньше, чем, скажем, Ишмухаметовых или Ишбулатовых. Это делает её ценной для генеалогического поиска: носители фамилии, скорее всего, связаны узким кругом родства в пределах одного-двух сел.