Фамилия Иштуков — редкий случай, когда основа почти наверняка указывает на этническое происхождение, а не на прозвище или профессию. В её основе лежит тюркское слово «иштук» (или близкое к нему «ыштык»), которое в ряде тюркских языков, особенно в башкирском и татарском, означает «войлок» или «кошма». Соответственно, прозвище Иштук могли дать человеку, который изготавливал войлок, торговал им или, возможно, носил одежду из грубой кошмы. Модель образования проста: к основе «Иштук» добавили русский патронимический суффикс «-ов», который в фамилиях народов Поволжья стал универсальным способом русификации. Таким образом, Иштуков — буквально «сын Иштука», потомок того, кого в деревне знали под этим прозвищем.

Географически фамилия тяготеет к двум регионам: Башкортостан и западная часть Татарстана. Встречается она и в соседних Оренбургской и Челябинской областях, но с гораздо меньшей частотой. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки оседлого тюркского населения, принявшего православие или сохранившего мусульманские корни, но в любом случае получившего фамилию в XVIII–XIX веках, когда шёл массовый учёт населения.

Стоит упомянуть и альтернативную, хотя и менее вероятную, версию. В некоторых тюркских диалектах «иштук» может быть вариантом личного имени Иштуган, которое образовано от слов «иш» (дело, работа) и «туган» (рождённый). В этом случае фамилия означала бы «рождённый для дела», что тоже логично для крестьянской среды. Однако прямое значение «войлок» встречается в источниках чаще и выглядит более конкретным прозвищем, чем абстрактное имя.

Интересная деталь: суффикс «-ук» в тюркских прозвищах часто придаёт слову уменьшительно-ласкательный или просторечный оттенок. Иштук — это не просто войлок, а, возможно, «войлочек», «кусок кошмы». Такое прозвище могло быть дано невысокому, плотному человеку с округлыми формами или тому, кто постоянно возился с шерстью. В любом случае, социально предки Иштуковых были скорее всего ремесленниками или крестьянами, жившими в многонациональной среде Южного Урала.

По сравнению с однокоренными фамилиями вроде Иштуганов или Иштубаев, Иштуков стоит особняком: он не содержит второго корня (как «-бай» или «-ган»), а значит, прозвище было односложным и бытовым. Это делает фамилию более «прямой» и менее поэтичной, но зато — более прозрачной для этимологии.