Фамилия Иштыков образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от основы с суффиксом -ов. Это указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя, оканчивающееся на твёрдый согласный. Родовое имя Иштыковых происходит от личного имени или прозвища Иштык.

Самая вероятная версия происхождения основы — тюркская. В тюркских языках корень «иш» означает «работа, дело, труд». Соответственно, «иштык» могло быть прозвищем работящего человека, мастера, человека, занятого делом. Суффикс -тык в тюркских языках часто образует имена прилагательные или существительные со значением качества: «иштык» — «деловитый, работящий». Это не имя в полном смысле, а скорее характеристика, которая закрепилась за человеком и перешла в фамилию.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с этнонимом или географическим названием. В некоторых тюркских языках «иштык» может быть вариантом названия народа (например, иштяки — одно из названий башкир), либо указывать на выходца из местности с похожим названием. Однако в случае с фамилией Иштыков первая версия — прозвище по роду занятий или характеру — выглядит более естественной для русской фамильной традиции, где прозвища давались по личным качествам.

Фамилия редкая и не имеет широкой географической привязки. Она встречается в Поволжье и на Урале, в регионах, где исторически было сильное тюркское влияние, а также среди татар и башкир, у которых фамилии на -ов также широко распространены. Сословно носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, но точных данных об этом нет. В отличие от фамилий от канонических русских имён, Иштыков — яркий пример того, как тюркское прозвище органично вошло в русскую фамильную систему через суффикс -ов.